Založbo Aristej je leta 1993 ustanovila Emica Antončič, potem ko ji je družina svetovala, naj pravljice, ki si jih je izmišljala za svojo prvorojenko, izda kot slikanice. Povod za nastanek Založbe Aristej je bila tako vsakodnevna starševska praksa, zbirka Ada pa začetek založbinega leposlovnega programa za otroke.

Leto zatem je Založba Aristej sprejela v program Dialoge, drugo najstarejšo slovensko kulturno revijo, in jo uredniško prenovila, leta 1998 pa začela izdajati še znanstveno humanistiko in družboslovje v knjižni zbirki Dialogi.

Danes je Aristej po prevladujočem programu predvsem akademska založba, specializirana za humanistiko in družboslovje. Knjige s področja antropologije, filozofije, sociologije in socialne psihologije, kulturnih študij, jezikoslovja in druge izhajajo v zbirki Dialogi in zunaj nje. Prepoznaven del programa je namenjen otrokom in mladini: leposlovje za otroke izhaja v zbirkah Iva in Lutkovni oder ter zunaj njih, posebnost pa je poljudna humanistična zbirka Pojmovniki, namenjena predvsem mladini.

Založba si je ustvarila dobro ime z izbranim, visoko kvalitetnim programom, ki temelji na svežih in izvirnih idejah. Mnoge Aristejeve knjige so odprle nova področja in tematike, ki v Sloveniji pred tem še niso bile obravnavane. V tako oblikovanem programu so se razvile tudi nekatere specializacije, npr.: glasoslovje slovenskega jezika, analitična filozofija, gledališče, lutke in dramatika za otroke.